菌種安全
施用菌種存在一定安全隱患。目前，據(jù)農(nóng)業(yè)部微生物肥料質(zhì)量監(jiān)督檢驗測試中心反映，隨著我國微生物肥料產(chǎn)品種類和劑型的不斷增加，微生物肥料生產(chǎn)中所施用微生物的種類也增加很快，已經(jīng)遠遠超出過去常用的一些種、屬。因此，微生物肥料施用的菌種潛在一定安全隱患。我國微生物肥料管理采用登記證制度（市場準入）和年度跟蹤抽查制度，并且正向產(chǎn)品進入市場合法、質(zhì)量監(jiān)管有力邁進。
加強菌肥生產(chǎn)的安全監(jiān)督。近年來，微生物肥料所用菌種中條件病原微生物或機會性病原出現(xiàn)的頻率加大。針對微生物肥料的生產(chǎn)，必須加強對肥料菌種的安全監(jiān)督，嚴防有毒力的毒株應(yīng)用于肥料生產(chǎn)。微生物肥料的核心是制品中特定的有效的微生物活體，一些微生物雖有特定的肥料效應(yīng)，但由于是條件病原微生物或機會性病原，不能用作微生物肥料的菌種。
我國對產(chǎn)品質(zhì)量的監(jiān)管，采用跟蹤抽査制度，一般一年進行一次，防止危害人民群眾安全、危及農(nóng)牧業(yè)生產(chǎn)安全的事故發(fā)生。檢查的安全性指標包括菌種安全監(jiān)督和產(chǎn)品的無害化指標，具體菌種安全監(jiān)督按照農(nóng)業(yè)部頒布的菌種3級管理目錄進行。產(chǎn)品的有效性表現(xiàn)在提供、保持或改善植物營養(yǎng)和土壤物理、化學性能以及生物活性，提高農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)量，或改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)，或增強植物抗逆性。
加強施用菌肥的監(jiān)督管理
在肥料銷售和生產(chǎn)應(yīng)用過程中，必須加強微生物肥料的質(zhì)量檢驗與菌種安全檢查的監(jiān)督管理；購買微生物肥料的用戶，要加強對產(chǎn)品登記制度的了解，逐一核查產(chǎn)品是否登記，嚴格核實欲購肥料與辦理登記的手續(xù)是否一致，是否存在安全問題，以確保微生物肥料的施用安全。
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